В первую очередь среди них следует выделить доминирование в практике концепции так называемого отходного производства. Согласно ей, отходы рассматриваются как нечто неизбежное, с чем надо мириться. В итоге получается, что в хозяйственной практике борьба с ними отодвигается на последнее место. Если предприятия и занимаются отходами, то, как правило, под давлением государственных природоохранных органов, использующих при этом административно-правовые и экономические методы воздействия.
Однако отношение самого государства к природоохранной деятельности предприятий оказывается в сильной зависимости от экономической конъюнктуры и важности экологических проблем в обществе. Охвативший мир кризис отодвинул вопросы экологии на задний план, сделав более приоритетными такие проблемы, как невыплата заработной платы, и рост безработицы. Экономические трудности, которые переживают современные предприятия, заставляют их экономить на всем и в первую очередь на охране окружающей среды. Расходы на нее представляются им нерациональным использованием средств. Данный взгляд нередко поддерживается государственными правоохранительными органами, которые, исходя из сложившейся экономической ситуации, устанавливают пониженные экологические требования к предприятиям. В итоге система экологического менеджмента на многих из них отсутствует. В лучшем случае дело ограничивается учреждением должности инженера по экологии, в худшем - инженера-эксперта или инженера по безопасности с кругом обязанностей, далеко выходящим за рамки экологии.
Кроме экологической безопасности этому человеку приходится заниматься не только безопасностью труда, но и производством в целом, управлением в условиях чрезвычайных ситуаций. А о том, что выход из экономического тупика возможен на пути развития безотходного производства, даже не рассматривается.
Еще одним сложным препятствием является привязка необходимости внедрения системы экологического менеджмента к интересам всего общества, а не отдельных предприятий. Для этого используются существующие в экономической теории концепции так называемых "внешних эффектов" и "перелива" издержек. Весь смысл концепции заключается в следующем. Предприятия, исходя из собственных интересов, экономят на природоохранных издержках и загрязняют своими отходами окружающую среду, создавая отрицательные внешние эффекты, которые ведут к перекладыванию издержек на других.
В самом деле, из-за высокой концентрации в окружающей среде вредных веществ, находящихся за пределами предприятий, субъекты несут дополнительные издержки, вызванные как правило повышенной заболеваемостью населения, ранней смертностью, уменьшением работоспособности, ускоренным износом материалов зданий, сооружений, транспортных средств. Несут ущерб также предприятия сельского, лесного, рыбного хозяйств и туризма. И получается, что предприятия-загрязнители, отказавшись от осуществления издержек природоохранительного назначения, как бы перенесли их в форме экологического ущерба на тех, кто находился за пределами этих предприятий.